La justicia jujeña le otorgó la prisión domiciliaria a Milagro Sala, detenida desde principios de 2016 en la prisión de Alto Comedero, en Jujuy, en virtud de la medida cautelar de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) que solicitó "medidas alternativas" a la prisión preventiva de la líder de la Tupac Amaru.
El juez Gastón Mercau le concedió la prisión domiciliaria y dispuso el traslado a su vivienda ubicada en la zona del dique La Ciénaga en El Carmen, aunque aseguró que no está de acuerdo con la medida cautelar, pero que no tiene otra opción que aceptarla "Nosotros firmamos los tratados y hay que cumplirlo porque somos parte del Estado Nacional", dijo a los medios.
De todas maneras, hasta que el juez Pablo Pullen Llermanos no resuelva otorgarle la prisión domiciliaria, la dirigente no será trasladada del Penal de Mujeres de Alto Comedero.
En diciembre de 2016 fue condenada por daños agravados a tres años de prisión en suspenso por considerarla instigadora de un escrache contra el actual gobernador Gerardo Morales.
Días más tarde, fue enjuiciada por haber organizado un "acampe" y encontrada culpable de cometer una contravención, siendo condenada a pagar una multa, a realizar trabajos sociales y a tres años de inhabilitación para integrar organizaciones; este último juicio fue declarado nulo el 2 de junio de 2017 por el juez de Control número 3 de Jujuy.